Perubahan oleh manajemen MTs N 9 Bantul dalam mengadopsi dan menerapkan sarana, sumber daya, dan pengetahuan dalam merealisasikan kondisi yang lebih baik.
Penataan Tatalaksana bertujuan untuk meningkatkan efisiensi dan efektivitas sistem, proses, dan prosedur kerja yang jelas, efektif, efisien, dan terukur di MTs Negeri 9 Bantul.
Penataan sistem manajemen SDM aparatur bertujuan untuk meningkatkan profesionalisme SDM aparatur di MTs Negeri 9 Bantul.
Penguatan Akuntabilitas adalah perwujudan kewajiban MTs Negeri 9 Bantul untuk mempertanggungjawabkan keberhasilan/kegagalan pelaksanaan program dan kegiatan dalam mencapai visi dan misi madrasah.
Penguatan Pengawasan mempunyai tujuan untuk meningkatkan penyelenggaraan pemerintahan yang bersih dan bebas KKN.
Peningkatan kualitas pelayanan publik merupakan salah satu upaya untuk meningkatkan kualitas dan inovasi pelayanan publik di MTs Negeri 9 Bantul.